Ma'had Aly Darussalam Martapura  pertama kali dibuka pada  bulan  Juli  2002,  namun  baru  ada  tanggal  2  November 2002  M.  bertepatan  pada  dengan  tanggal  26  Sya'ban  1423  H, perguruan  tinggi  ini  diresmikan  oleh  MenteriAgama  Rl  yang saat  itu  dijabat  oleh  Prof.  DR.  H.  Said  Agil  Husin  AlMunawwar, MA,  sebagai mudir-nya dipercayakan kepada KH. M.  Hatim  Salman,  Lc.  yang  merupakan  salah  satu  penggagas berdirinya Ma'had Aly Darussalam.

Ma'had  Aly  didirikan  sebagai  wadah  bagi  para  santri yang  ingin  melanjutkan  pendidikannya  setelah  lulus  dari Madrasah  Diniyah  Ulya,dapat  dikatakan  bahwa  Ma'had  Aly Darussalam  merupakan  study  lanjutan  dari  angkatan  Ulya  ke Perguruan Tinggi Diniyah (Jurusan Fiqh). Oleh  karena  itu  sedikit  banyak  metode  pendidikannya sama perguruan tinggi lainnya, namun tetap tidak meninggalkan manhaj  serta  kultur  madrasah  diniyah.  Metode  pendidikan  di Ma'had  Aly  Darussalam  merupakan  kolaborasi  antara  Manhaj pendidikan  tradisional,  yaitu  mengkaji  Kitab-kitab berbahasaArab,  dengan  mendengarkan  penjelasan  ustadz,  dan metode  sekarang  yang  lebih  menekankan  pada  system mudzakarah atau diskusi.

Gedung Perkuliahan Ma'had 'Aly Darussalam (th.2013)

Mungkin  hal  itu  membuat  Ma'had  Aly  agak  berbeda dengan  kebanyakan  Perguruan  Tinggi  Islam  yang  ada  di lndonesia,  karena  mengkhususkan  diri  pada  pengkajian khazanah  ilmiah  Islam  dari  bahasa  aslinya  (baca  Arab)  semua buku/kitab  panduan  yang  digunakan  baik  salaf  ataupun kontemporer  yang  ditentukan  oleh  kurikulum  menggunakan bahasa Arab.

Pendidikan  di  Ma'had  Aly  Darussalam  dititik  beratkan pada Hukum lslam, tepatnya fiqh Islam, oleh karena itu semua pelajarannya  berorentasi  kepada  fiqh  serta  ilmu-ilmu pendukungnya diantaranya ialah: